بدأت برامج التعليم عن بعد في جامعة الخرطوم في عام 1999م، بعد أن أجاز مجلس الأساتذة في تلك الفترة برامج التعليم عن بعد التالية:
1. برنامجين في مدرسة العلوم الإدارية هما: محاسبة مالية (عدد الدارسين عام 2009/2010 723 دارسا)، إدارة أعمال (عدد الدارسين عام 2009/2010 1157 دارسا ).
2. ثلاثة برامج بكالوريوس في كلية الآداب هي: اللغة العربية ( 38 دارسا)، الدراسات الإسلامية ( 31 دارسا)، علوم المكتبات ( 33 دارسا).
3. برنامج بكالوريوس في تطبيقات الحاسوب بكلية العلوم الرياضية. ( توقف بعد تجربة قصيرة).
4. تسعة برامج بكالوريوس في كلية التربية. (لم يتم تنفيذ أي من هذه البرامج).
5. برنامج بكالوريوس في علوم الغابات من قبل كلية الغابات ولم يتم تنفيذه.

ولقد كانت البداية متواضعة تمثلت في طباعة مذكرات للمقررات لم يتم تصميمها وفقا لنظام التعليم عن بعد، إضافة لفترة إقامة يقابل فيها الدارسون المشرفين الأكاديميين للمواد. وظل الوضع كما هو عليه إلى أن أصدر مدير جامعة الخرطوم بروفسور/ مصطفى إدريس البشير قرارا إداريا رقم (9) لسنة 2010م بتاريخ 28/1/2010م يقضي بتشكيل لجنة لتطوير برامج التعليم عن بعد للجامعة برئاسة نائب مدير الجامعة بروفسور/ الصديق أحمد المصطفى حياتي. وكلفت اللجنة بالمهام التالية: إعداد دراسة شاملة للجوانب الأكاديمية والإدارية لتنفيذ برامج التعليم عن بعد القائمة وتطويرها للتوسع في مجال البكالوريوس والدراسات العليا والتعليم المستمر في المجالات المختلفة كخدمة تعليمية موازية للدراسة النظامية التي تقدمها الكليات والمعاهد مع الأخذ في الاعتبار ما يلي: النظام الإداري والقانوني، المقر المناسب، التدريب على الكتابة والتحرير ومنهجية التدريس والعناصر الأساسية: بشرية ومادية ووسائط، برنامج عمل وجدول زمني للتنفيذ، تقديرات التكلفة الكلية للاحتياجات والتكلفة الأساسية.

منهجية عمل اللجنة :

   بدأت اللجنة عملها بعقد اجتماعات أسبوعية منتظمة لمناقشة جوانب الموضوع المختلفة . استمعت اللجنة إلى خبير أردني يتعاون مع جامعة السودان المفتوحة عن أسس نظم التعليم عن بعد، كما استمعت إلى الخبير السوداني د. الطيب حاج عطية الذي تحدث إلى اللجنة عن نظم التعليم عن بعد في تجارب البلاد التي زارها ( بريطانيا، جنوب أفريقيا، تنزانيا بتسوانا ). دعت اللجنة ممثلين للكليات التي تقدم حاليا برامج تعليم عن بعد ليشرحوا لها حصيلة تجربتهم في هذا المجال ( مدرسة العلوم الإدارية، كلية الآداب، كلية العلوم الرياضية، كلية التربية). كونت اللجنة أربع لجان فرعية لتقديم تصور مبدئي للموضوعات التالية: آلية إدارة نظام التعليم عن بعد، احتياجات وتكلفة تأسيس التعليم عن بعد، تدريب العاملين على نظم التعليم عن بعد، برامج التعليم عن بعد. ناقشت اللجنة في عدة اجتماعات تقارير تلك اللجان واقترحت توصيات بشأنها. أقامت اللجنة ورشة تدريبية تجريبية لمنسوبي الكليات التي تقدم برامج تعليم عن بعد أو تنوي تقديم برامج في المستقبل القريب عن: مفهوم ومعايير وتطبيقات التصميم التعليمي. ولقد حضر الورشة 26 أستاذا من 7 كليات بالإضافة إلى إدارة مطلوبات الجامعة، واستمرت الورشة لمدة 5 أيام متوالية بقاعة التدريب بمدرسة العلوم الإدارية. قام بالتدريب الخبير الأردني المهندس / خالد حسنين، وجاء تقويم الورشة من قبل الدارسين إيجابيا بنسبة زادت عن 90% . وأوصت الورشة بتكرار التجربة حتى يستفيد منها عدد أكبر في كليات الجامع المختلفة. عقدت لقاءات للأساتذة بمجمعات شمبات والوسط وتبقى مجمع الطب لتنويرهم عن نظم التعليم عن بعد بجانب العمل الاستشاري والتدريبي.